Cytoscape
Cytoscape إذا كنت من النوع الذي يتمتع بموهبة في علم الأحياء والجوانب الأخرى ذات الصلة بالحياة ، فأنت بالتأكيد بحاجة إلى أداة لتعزيز دراساتك وأبحاثك ونتائجك. سواء كنت طالبًا أو مدرسًا أو محاضرًا أو مجرد متحمس في هذا المجال ، فإن هذا البرنامج هو أحد البرامج التي يجب عليك تجربتها بالتأكيد. إنها أداة برمجية مفتوحة المصدر للمعلوماتية الحيوية تصور شبكات التفاعل الجزيئي وتتكامل أيضًا مع ملفات تعريف التعبير الجيني بالإضافة إلى بيانات الحالة الأخرى. يأتي مزودًا بوظائف قوية تتميز بالعديد من الميزات الإضافية المتوفرة في شكل مكونات إضافية.
Cytoscape
يمكن استخدام هذه المكونات الإضافية للشبكة والعديد من الأشياء مثل تحليلات التنميط الجزيئي ، ودعم تنسيق الملفات الإضافي ، والتخطيطات الجديدة ، والبحث في الشبكات الكبيرة ، والاتصال بقواعد البيانات على سبيل المثال لا الحصر. تعتبر منصة البرامج هذه منصة قوية جدًا تم إنشاؤها للتعامل مع المهام البسيطة والمعقدة. وتجدر الإشارة إلى أنه على الرغم من أن واجهته لطيفة ومنظمة بشكل جيد ، إلا أن المستخدم العادي سيستغرق بعض الوقت لفهم وظائفها وتخطيطها. أخيرًا ، تتمتع الأداة بدعم قوي لبيولوجيا النظام والبروتيوميات وعلم الجينوم.
وبالتالي ، فإنه يتيح لك تحميل مجموعات بيانات تفاعل البروتين البروتين بتنسيقات مختلفة مثل Graph BioPAX و Markup Language و SBML والعديد من الأشكال الأخرى.
إذا كنت طالبًا في علم الأحياء أو باحثًا في علم الأحياء أو متحمسًا لبيولوجيا عامة ترغب في التعمق في معرفتك وتوسيع نطاقها ، فإن Cytoscape هي الأداة المناسبة لك. باستخدامه يمكنك تصور شبكات التفاعل الجزيئي والمسارات البيولوجية ، كل ذلك أثناء دمجها مع التعليقات التوضيحية وبيانات الحالة.
واجهة التطبيق منظمة بشكل جيد للغاية وتتطلب بضع دقائق لفهم تخطيطها ووظائفها وبعض المشاريع المكتملة للحصول على حق التعامل معها. يوفر لك لوحة إدارة الشبكة ونافذة عرض الشبكة ومتصفح السمات حيث يمكنك تغيير السمات المختلفة بسرعة وسهولة.
يمكنك تحميل شبكات متعددة في وقت واحد وتحليلها وتعديلها كما يحلو لك. ولكن هناك بعض الحالات التي لا يمكنك مشاهدتها. هذا لأن بعض هذه الشبكات كبيرة جدًا وتستغرق وقتًا طويلاً لعرضها. يساعدك التطبيق في معرفة أي منها لديه وجهات نظر من خلال عرضها بإبرازات باللونين الأسود والأحمر.
في حالة الشبكات الكبيرة التي يمكن عرضها ، يمكنك دراسة هيكلها باستخدام منظور عين الطائر. بهذه الطريقة ، يمكنك ببساطة التجول في جميع أنحاء الشبكة لعرض العقد الخاصة بها والتكبير ولعرض تفصيلي أو تجميعي.
يقدم لك Cytoscape الدعم في بيولوجيا النظام وعلم الجينوم والبروتيوميات. باستخدامه ، يمكنك تحميل مجموعات بيانات تفاعل البروتين والبروتين في تنسيقات Graph Markup Language و SBML و BioPAX و GraphML و Excel Workbook. لا يقتصر استخدام Cytoscape على علم الأحياء لأنه قادر بشكل جيد جدًا على معالجة وتحليل الشبكات الاجتماعية الكبيرة ذات العلاقات الشخصية بالإضافة إلى تصور بيانات إطار عمل وصف الموارد.
Cytoscape هو تطبيق معقد مصمم للتعامل مع البيانات البسيطة والمعقدة عندما يتعلق الأمر بتصور وتحليل شبكات التفاعل من كل من مجالات علم الأحياء والعلوم الاجتماعية.
