PyMOL
PyMOL منذ اختراع أجهزة الكمبيوتر ، يعمل مطورو التطبيقات على إنشاء برنامج يوفر حلًا للتحديات عبر قطاعات الصناعة. لم يتم استبعاد العالم العلمي من هذا الابتكار. باستخدام هذا التطبيق ، يمكن للباحثين تصور الجزيئات وتنفيذ مهام التحليل على البروتينات للتحقق من كثافتها ومساراتها وأسطحها في نموذج ثلاثي الأبعاد تم إنشاؤه بواسطة الكمبيوتر.
PyMOL
يتميز هذا التطبيق بأحدث أدوات التقديم القادرة على تصور بنية جزيئية ثلاثية الأبعاد وصولاً إلى المستوى الذري. يمكن للتطبيق أيضًا التعامل مع التركيب البلوري للأشعة السينية للكربوهيدرات والمستقلبات والسكريات والبروتينات والحمض النووي والحمض النووي الريبي وغير ذلك الكثير. إلى جانب التصور الجزيئي ، يمكن أيضًا استخدام هذا البرنامج لتقديم تصور فني للهياكل الجزيئية.
على عكس التطبيقات الموازية الأخرى ، تم تصميم هذا البرنامج بكل بساطة. يمكن استخدامه من قبل مبتدئين وخبراء الكمبيوتر. يحتوي البرنامج على دعم مكثف للتنسيقات الجزيئية بما في ذلك PDB و SDF وخرائط كثافة الإلكترون. إنه قادر على تقديم الإخراج كصور وأفلام ، وذلك بفضل أداة الرسوم المتحركة المدمجة التي تسمى original. كما أنها قادرة على توليد أشكال بين الجزيئات المختلفة. تشمل الميزات الأخرى لهذا البرنامج معدلات إطارات قابلة للتخصيص ، وتتبع إطار الحلقة والأشعة ، والتقاط إطار الصورة ، ومحاكاة الحركة البطيئة ، وتصدير المستند إلى VRML ، وغير ذلك الكثير.
PyMOL هو تطبيق خفيف الوزن مصمم لتزويدك بنظام تصور جزيئي شامل. باستخدام تقنية الرسم المتكاملة لتتبع الشعاع ، يمكن أن تجعل الهياكل الجزيئية ثلاثية الأبعاد ذات حدود سطحية أكثر سلاسة ، وتأثيرات انعكاس وظل محسّنة.
الواجهة الرئيسية سهلة الاستخدام ونظيفة ، مما يجعلها مناسبة حتى للمبتدئين. يوفر PyMOL دعمًا للعديد من تنسيقات الصور ، بما في ذلك PDB و SDF وخرائط كثافة الإلكترون. يمكن حفظ الصور والأفلام المقدمة في ملفات الجلسة ، والتي يمكنك مشاركتها مع الآخرين ، دون القلق من أن تخطيط الكائن قد يتغير.
يأتي التطبيق مع جميع الأدوات اللازمة لإنشاء الرسوم المتحركة والأفلام الجزيئية. يمكن تدوير الكاميرا لتغيير المنظور ، بينما تتضمن أداة الرسوم المتحركة المدمجة ، المسماة RigiMOL ، مجموعة من الميزات لتوليد أشكال جزيئية بين الهياكل المختلفة.
يعد معدل الإطارات القابل للتخصيص ، والاستيفاء التلقائي ، وتأطير الحلقة وتتبع الأشعة ، والتخزين المؤقت لإطار الصورة ، ومحاكاة الحركة البطيئة من المزايا الأخرى التي يأتي بها هذا التطبيق.
يمكن تصدير هياكل PyMOL التي تم إنشاؤها إلى VRML (لغة ترميز الواقع الافتراضي) ، والتي تمكنك من إنشاء رسومات متجهة باستخدام تطبيقات الطرف الثالث أو طباعة النموذج باستخدام طابعة ثلاثية الأبعاد.
يمكن لـ PyMOL عرض البيانات الجزيئية باستخدام طرق تمثيل الصور المختلفة. يمكنك الاختيار من وضع التسلسل ووضع الاستريو والعرض المتعامد والخطوط التي تؤكد على اتصال السندات والمزيد.
يتميز البرنامج بألوان قابلة للتخصيص ، وملصقات هيكلية ، وشفافية كائن قابلة للتعديل ، وحجم الإخراج والتحكم ، والتكبير التلقائي ، وتراكب النص ، وعناصر تحكم الماوس القابلة للتخصيص. تساعدك المعالجات المضمنة في قياس الهياكل وتنفيذ تركيب الأزواج وإضافة الملصقات والمزيد.
من خلال إمكانات العرض المتقدمة وأدوات إنشاء الأفلام ، تعد PyMOL أداة لا غنى عنها لعرض الهياكل الجزيئية المعقدة وإنشاء عروض تقديمية ثلاثية الأبعاد حية.
